Pri čiščenju je treba s posebnimi čistili in mehko krpo nežno obrisati odprtine mreže anilox valjev, da preprečite, da bi trdi predmeti poškodovali njihovo občutljivo strukturo. Odstranjevanje prahu s površine ohišja stroja, vodilnih tirnic in odprtin za odvajanje toplote servo motorja je prav tako ključnega pomena za zagotovitev nemotenega odvajanja toplote in stabilnega mehanskega gibanja. Vzdrževanje mazanja mora strogo upoštevati specifikacije opreme in redno dodajati predpisano mast na vodilne tirnice, ležaje in druge komponente, da se zmanjšajo izgube zaradi trenja in ohrani dolgoročna natančnost fleksografskega tiskarskega stroja. Poleg tega lahko dnevni pregledi tesnjenja pnevmatskih cevovodov in nabiranja prahu v električnih omaricah učinkovito preprečijo nenadne okvare.

Stabilnost sistema fleksografskega tiskarskega stroja je odvisna od dvojnega vzdrževanja strojne in programske opreme. Čeprav struktura brez zobniškega prenosa poenostavlja mehansko kompleksnost, je še vedno treba redno preverjati tesnost servo motorja in napetost sinhronega jermena, da se prepreči ohlapnost in odstopanje pri registraciji. Kar zadeva krmilni sistem, je treba v realnem času spremljati parametre servo pogona in kalibrirati sistem registracije. Občutljivost senzorja napetosti in naprave za vakuumsko adsorpcijo neposredno vpliva na prenos materiala, zato sta dnevno čiščenje in funkcionalno testiranje bistvena. Pri dolgotrajni uporabi je enako pomembno upravljanje potrošnega materiala fleksografskega tiskalnika, kot je pravočasna zamenjava strgal in starajočih se črnilnih cevi ter redno varnostno kopiranje parametrov opreme za odpravljanje nepravilnosti v podatkih. Nadzor temperature in vlažnosti v delavnici lahko zmanjša deformacije materiala in elektrostatične motnje ter dodatno optimizira učinek tiskanja. Le z znanstvenimi in sistematičnimi strategijami vzdrževanja lahko fleksografski tiskarski stroji še naprej uveljavljajo svoje prednosti visoke natančnosti in visoke učinkovitosti, hkrati pa si prizadevajo za lažjo strukturno optimizacijo in tehnološki napredek v industrijskem ekosistemu tiskarske embalaže.